مارا از مرگ میترسانند انگار که ما زنده ایم

کم کم فراموش می کنیم، کم کم فراموش می شویم، این تنها حقیقتی است که همیشه با ما بوده است

مارا از مرگ میترسانند انگار که ما زنده ایم

کم کم فراموش می کنیم، کم کم فراموش می شویم، این تنها حقیقتی است که همیشه با ما بوده است

Mastodon
مارا از مرگ میترسانند انگار که ما زنده ایم

این وبلاگ ، برگه ای است که دلنوشته ها ، نظرات و چیزهایی را که احساس می کنم می تواند برای دیگران آموزنده باشد ،را در آن می نویسم. همه ی آنچه می نویسم ، اگر منبعی جز خودم داشته باشد با منبع خواهم نوشت.
این وبلاگ دیر به دیر اپدیت می شود ولی آپدیت می شود !
سیدسجاد موسوی نژاد سوق

دنبال کنندگان ۵ نفر
این وبلاگ را دنبال کنید

نصب نرم افزار lammps در اوبونتو

دوشنبه, ۱۱ بهمن ۱۳۹۵، ۱۰:۰۲ ق.ظ

lammps

با سلام خدمت دوستان عزیز

در این پست به چگونگی نصب و اجرای برنامه لمپس می پردازیم. نرم افزار لمپس یک کد محاسباتی برای حل سیستم های اتمی بزرگ می باشد. در سیستم عامل اوبونتو برای نصب آن باید مراحل زیر را اجرا کنید:

lمرحله اول اضافه کردن مخزن لمپس به مخازن سیستم است:


sudo add-apt-repository ppa:gladky-anton/lammps


سپس لازم دستورات زیر را به ترتیب اجرا کنید


sudo apt-get update
sudo apt-get install lammps-daily


 پس از دانلود و نصب فایل ها . لازم است برای اجرای موازی نیز سیستم را اماده کنیم. برای این منظور ابتدا لازم است نرم افزار openmpi نصب شود برای این منظور کد های زیر را در تریمنال وارد کنید:


sudo apt-get install mpi-default-bin mpi-default-dev


سپس در ترمینال کد زیر را وارد کنید. توجه شود که در کد زیر مقدار N تعداد هسته های سیستم شما م یباشد. (بین عدد و علامت مساوی نباید فاصله ای باشد)


echo "export  OMP_NUM_THREADS=N" >> $HOME/.profile


حال سیستم برای اجرای یک مثال اماده است . برای استفاده از حالت سری بصورت زیر فایل ورودی را در لمپس اجرا می کنیم:


lammps-daily < inputfile


 و برای حالت موازی بصورت زیر (در کد زیر به جای عدد نوشته شده تعداد هسته های که برای اجرا می خواهید را وارد کنید کمتر یا مساوی کل تعداد هسته هایی که قبلا برای سیستم تعریف کرده ایم - دو خط بالاتر)

mpirun -np 2 lammps-daily < inputfile



  • سجاد موسوی نژاد سوق

MD

lammps

ubuntu

لمپس

نظرات (۲)

نفهمیدیم 
باتشکر :))
پاسخ:
خیلی جالب بود.

من نتونستم کامل دستورات را اجرا کنم و میگه نمی تونه آپدیت کنه.
ولی این نکته را بدونید هر دستور را که کپی می کنید، کنار دستور نام نویسنده به فارسی هم کپی میشه. وقتی این دستور را در لمپس اجرا می کنید خطا می دهد. اول اسم فارسی نویسنده را باید پاک کنید.
پاسخ:
ممنون که ایراد رو توضیح دادید من یک فایل در انتها قرار دادم که همه ی دستورات توی اون هستند .
ارسال نظر آزاد است، اما اگر قبلا در بیان ثبت نام کرده اید می توانید ابتدا وارد شوید.
شما میتوانید از این تگهای html استفاده کنید:
<b> یا <strong>، <em> یا <i>، <u>، <strike> یا <s>، <sup>، <sub>، <blockquote>، <code>، <pre>، <hr>، <br>، <p>، <a href="" title="">، <span style="">، <div align="">
تجدید کد امنیتی