با سلام خدمت دوستان عزیز
در این پست به چگونگی نصب و اجرای برنامه لمپس می پردازیم. نرم افزار لمپس یک کد محاسباتی برای حل سیستم های اتمی بزرگ می باشد. در سیستم عامل اوبونتو برای نصب آن باید مراحل زیر را اجرا کنید:
lمرحله اول اضافه کردن مخزن لمپس به مخازن سیستم است:
sudo add-apt-repository ppa:gladky-anton/lammps
سپس لازم دستورات زیر را به ترتیب اجرا کنید
sudo apt-get update sudo apt-get install lammps-daily
پس از دانلود و نصب فایل ها . لازم است برای اجرای موازی نیز سیستم را اماده کنیم. برای این منظور ابتدا لازم است نرم افزار openmpi نصب شود برای این منظور کد های زیر را در تریمنال وارد کنید:
sudo apt-get install mpi-default-bin mpi-default-dev
سپس در ترمینال کد زیر را وارد کنید. توجه شود که در کد زیر مقدار N تعداد هسته های سیستم شما م یباشد. (بین عدد و علامت مساوی نباید فاصله ای باشد)
echo "export OMP_NUM_THREADS=N" >> $HOME/.profile
حال سیستم برای اجرای یک مثال اماده است . برای استفاده از حالت سری بصورت زیر فایل ورودی را در لمپس اجرا می کنیم:
lammps-daily < inputfile
و برای حالت موازی بصورت زیر (در کد زیر به جای عدد نوشته شده تعداد هسته های که برای اجرا می خواهید را وارد کنید کمتر یا مساوی کل تعداد هسته هایی که قبلا برای سیستم تعریف کرده ایم - دو خط بالاتر)
mpirun -np 2 lammps-daily < inputfile
